La medición del desempeño de la organización, en particular la búsqueda de un modelo que acerque el proceso de gestión a los resultados esperados a través de estrategias, ha sido uno de los temas más importantes de la Administración en las últimas décadas. Recientemente, se han hecho esfuerzos por adaptar a las organizaciones del sector público enfoques y tecnologías inicialmente desarrollados para las empresas, sobre todo en países que, como el Perú, buscan incidir en la capacidad de los gobiernos para producir resultados. Empero, la evidencia concreta de los gobiernos locales sugiere que la implementación de sistemas de gestión por procesos en este ámbito ve reducida su expectativa de éxito por la naturaleza altamente estructurada de la gestión, la rigidez del diseño organizacional y la propia normativa gubernamental. Este artículo plantea que la mejora del rendimiento deviene de conciliar las dimensiones de la estrategia y la estructura. Sobre esa base, se presenta una herramienta para estimar el desempeño organizacional en función de flexibilizar la estructura funcional y adaptarla a una lógica de gestión por procesos. Así es más factible que la estrategia gane intensidad, provoque la alineación de los procesos y visibilice los resultados de estos, permitiendo evaluar el desempeño de las áreas, los gestores y, en definitiva, la organización.