Estudiamos las diferencias de rendimiento entre las comunidades españolas que ampliaron muestra en la evaluación PISA 2012, identificando dos bloques de comunidades con altas y bajas puntuaciones en el conjunto de competencias evaluadas. Ambos bloques se corresponden geográficamente con territorios del norte y sur del país. Partiendo de un conjunto de indicadores regionales de tipo socioeconómico y educativo que correlacionan con el rendimiento, caracterizamos las comunidades de cada bloque a partir de las diferencias de medias en cada indicador y valoramos su significación a través de métodos bootstrap. Los resultados muestran que, en relación a la brecha regional de rendimiento, los factores exógenos de carácter socioeconómico y cultural juegan un papel más relevante que los recursos destinados a la educación o las características del sistema educativo autonómico consideradas en nuestro análisis