El objetivo del estudio fue analizar la repercusión de un programa de intervención basado en el Aprendizaje Cooperativo sobre diferentes variables motivacionales en futuros docentes. 264 estudiantes del grado de Maestro en Educación Primaria participaron. Antes de la intervención se planteó un modelo teórico explicativo de las relaciones entre las diferentes variables. Durante 12 semanas, al grupo experimental se le aplicó el programa mencionado, mientras que el grupo control experimentó un planteamiento tradicional de enseñanza. Se diseñó un cuestionario ad hoc utilizando subescalas validadas (PMCSQ-2, BPNS, PLOC, SGS-PE, PES) para la recogida de datos. El modelo teórico predictivo fue sometido a un análisis de ecuaciones estructurales con los datos obtenidos que mostró que éste se cumplía, observándose mejoras significativas, sólo en el grupo experimental, en los niveles de percepción de competencia, motivación autodeterminada, esfuerzo, responsabilidad y relación y una reducción significativa en los niveles de aburrimiento. La interacción con el género resultó significativa, a favor de las mujeres, en Competencia y Aburrimiento. El Aprendizaje Cooperativo se ha mostrado como un formato instructivo positivo docencia universitaria