Los sistemas multimodales de educación son una respuesta efectiva a las necesidades educativas de personas que participan en procesos de aprendizaje con ambientes tecnológicamente enriquecidos, donde el internet es un servicio fundamental. Sin embargo, la institucionalización de esos sistemas en las universidades implica varios desafíos organizacionales. La metodología de transversalización de la innovación educativa es útil para provocar transformaciones estructurales que favorecen la institucionalización de sistemas multimodales porque influye verticalmente (en todos los niveles de decisión) y horizontalmente (en todos los procesos vitales de la educación multimodal), provocando productos y servicios innovadores. La implementación del Sistema Multimodal de Educación de la Universidad Autónoma de Querétaro, México, fue conducida con dicha metodología y se obtuvieron los resultados previstos. No obstante, en la operación diaria están surgiendo varios desafíos no previstos. Ha sido necesario analizar dos puntos cruciales: a) se está produciendo cierto estrés procedimental en el equipo de producción de materiales digitales debido a una alta demanda; y b) si se hubiese garantizado la presencia del personal de los ámbitos normativos, financieros, administrativos y de tecnología educativa, en el proceso de transversalización horizontal (en todos los procesos vitales de la educación multimodal), actualmente estarían más armonizados dichos procedimientos.

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