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El incremento de la prevalencia de conductas y trastornos que pueden afectar gravemente el bienestar emocional infantil es un hecho. Sin embargo, aunque la relación causal entre condición física y salud biológica se encuentra bien establecida, la asociación entre la condición física y algunas dimensiones de la salud psicológica es menos evidente. El objetivo de esta investigación fue analizar la relación entre la condición física y el bienestar emocional de escolares. Se realizó un estudio inferencial mediante análisis de la covarianza ajustada por edad en una muestra de 212 escolares (120 mujeres) de 7 a 12 años de edad, seleccionada por conveniencia, en la que se aplicó la Batería ALPHA-fitness para medir la condición física y el Strengths and Difficulties Questionnaire para evaluar el bienestar emocional. Los resultados mostraron que los participantes con mayor condición física (X ≥ P50) obtuvieron valores más positivos en problemas de conducta (p = .002), hiperactividad (p < .001), problemas con compañeros (p = .028), conducta prosocial (p < .001), y puntuación total de dificultades (p = .029); mientras que los escolares con menor nivel en la puntuación total de dificultades (X < P40) tuvieron un mejor rendimiento en 4 x 10 m (p = .010), dinamometría manual (p = .050), Course-Navette (p = .050) y condición física general (p = .040). Estos resultados sugieren una relación positiva y bidireccional entre la condición física y el bienestar emocional; y, por tanto, se refuerza la necesidad de impulsar programas de mejora de la salud que tengan en cuenta la condición física y evalúen su efecto sobre las capacidades psicológicas de los escolares.