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El artículo aborda el desarrollo de competencias para la investigación en los procesos de titulación del estudiantado en dos universidades públicas con enfoque intercultural. El estudio, llevado a cabo en el periodo 2017-2018, analiza los contextos institucionales, políticos-sindicales, pedagógicos y metodológicos que inciden en el proceso formativo del estudiantado de las licenciaturas en Lengua y Cultura de la Universidad Intercultural de Chiapas y en Educación Preescolar y Primaria para el Medio Indígena de la Unidad 071 de la Universidad Pedagógica Nacional, en Chiapas. La investigación retoma la etnografía con el fin deindagar el desarrollo de las competencias para la investigación en el proceso formativo de 67 estudiantes que se encontraban cursando los dos últimos semestres en ambas instituciones. Entre los principales hallazgos se logró comprender cómo una serie de condiciones adversas en lo político-sindical, pedagógico, presupuestal y en la organización jurídica no propiciatalescompetencias,con repercusiones negativas en los procesos de titulación. La reflexión resultante evidencia retos de gobernabilidad política y reconocimiento jurídico para promover en las dos universidades la producción del conocimiento intercultural