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El presente artículo contribuye al debate sobre la autonomía escolar como modo de gobernanza y su efecto en la calidad y equidad en América Latina. Desde el enfoque contractual de la economía de los costos de transacción, se evalúan los efectos de la autonomía escolar en el desempeño, así como sus implicaciones en las metas de equidad en el sistema educativo. A partir de los aspectos de gobernanza medidos por el programa PISA a nivel de organizaciones escolares, se derivaron estimaciones econométricas para dos medidas de desempeño: logro y equidad. Los hallazgos sugieren que sistemas educativos más autónomos se asocian con un mejor desempeño, pero la práctica de la autonomía podría estar sesgada hacia los centros escolares que representan menor riesgo en términos de costos de transacción. Además, la autonomía escolar implica una estructura de gobernanza que conlleva riesgos de inadaptación que amenazan la naturaleza distributiva de los sistemas educativos. Perfiles educativos.