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Ecuador presenta diferencias educativas y socioeconómicas entre el grupo mayoritario de la población (mestizos) y las minorías étnicas (afroecuatorianos, indígenas y montubios). El objetivo de esta investigación es determinar la relación entre el efecto par de la composición escolar y el rendimiento académico de los estudiantes de tercer grado de bachillerato autoidentificados como minoría étnica. Como base teórica se empleó la función de producción educativa y como método de estimación se aplicó un modelo jerárquico lineal. Los resultados muestran que el efecto neto de un aumento de las minorías étnicas en la composición escolar empeora el rendimiento académico tanto de este grupo como del mayoritario, experimentando un deterioro más fuerte este último grupo, pues las notas de todos los estudiantes convergen, pero hacia la baja. Estos resultados llevan a repensar el sistema educativo ecuatoriano desde un enfoque inclusivo y a revisar la implementación de la Ley Orgánica de Educación Intercultural. REDIE