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Este artículo analiza comparativamente las configuraciones evaluativas y estrategias formativas en dos programas de doctorado en Educación de México: uno público y otro privado. Mediante triangulación cualitativa que integra análisis documental, entrevistas semiestructuradas a coordinadores académicos en dos momentos temporales (2005 y 2020) y análisis histórico de políticas públicas, se examina cómo ambos programas han configurado sus estrategias formativas en respuesta a distintas lógicas evaluativas. Los resultados revelan que el doctorado público articuló su proyecto formativo alrededor del capital científico de su planta y orientó sus ajustes pedagógicos al cumplimiento de criterios del antiguo CONACYT como la eficiencia terminal o la productividad académica. En contraste, el programa privado estructuró mecanismos de autoevaluación interna basados en su tradición institucional, flexibilidad curricular y pertinencia para el mercado educativo, aunque se identifica convergencia reciente con discursos de internacionalización y divulgación pública del conocimiento. Se concluye que la evaluación del posgrado mexicano opera mediante lógicas múltiples y diferenciadas, cuestionando la pertinencia de modelos únicos de acreditación y sugiriendo sistemas más contextualizados que reconozcan la heterogeneidad institucional, regional y disciplinar de los programas doctorales.