El E-learning implica autogestión del aprendizaje, cuando el entorno virtual exige un alto nivel de autonomía se puede prescindir de un docente porque los recursos tecno-educativos se auto operan para aprender. En estas condiciones, la ausencia de un docente/compañeros podría generar la percepción de aislamiento y favorecer resultados negativos en el aprendizaje. Por tanto, evaluar el papel de la presencia social en cursos con un alto nivel de autonomía es importante para describir cómo y en qué condiciones puede afectar el rendimiento de los estudiantes. El objetivo es comparar las calificaciones de dos grupos matriculados en un curso autónomo en línea; a uno se le aplicó una condición de «presencia social mínima» y el otro grupo fungió como control. Se ha aplicado un muestreo no aleatorio (n=137) y se utilizó un diseño factorial mixto 2x5. Los factores del diseño de investigación fueron «presencia social» y «tiempo»; se midieron las calificaciones del curso en cinco momentos diferentes; para analizar los datos se estimó un ANOVA factorial para diseños mixtos. Se evidenció que no existe interacción entre tiempo y presencia social, ni efectos principales de la presencia social sobre las calificaciones; sin embargo, el tiempo fue un factor significativo para explicar la varianza en las calificaciones. Estos resultados se discuten en términos de los alcances que pueden tener los cursos autónomos y el papel de la presencia social en condiciones de aprendizaje con un alto nivel de autonomía.