INTRODUCCIÓN. En este texto se explora la relación entre el gobierno y el comportamiento institucional de las universidades públicas. MÉTODO. A partir de una conceptualización de dichas relaciones, se examinan los cambios y reformas en el gobierno, la gobernabilidad y la gobernanza institucional de educación superior en América Latina, concentrando la atención en la experiencia de las universidades públicas mexicanas. A tal efecto se toma en cuenta los casos y procesos reportados en la bibliografía relevante sobre el tema. RESULTADOS. El argumento central es que los cambios en las prácticas de gestión y gobierno de las universidades públicas fueron modificados por la influencia de los cambios en los sistemas de creencias, las transformaciones contextuales y el perfil de las políticas públicas. Desde la perspectiva analítica del “institucionalismo metodológico” se discute este argumento a la luz de la experiencia mexicana de las últimas dos décadas. DISCUSIÓN. La conclusión general es que bajo la influencia de las tres fuerzas señaladas, se han incrementado significativamente las tensiones entre la gobernabilidad y la gobernanza en la conducción institucional de las universidades, lo que ha alterado la concepción misma de la autonomía universitaria, y la relocalización de los espacios de ejercicio y distribución del poder y de la autoridad institucional