El objetivo de este trabajo es analizar la metodología de enseñanza en centros educativos de alto nivel de eficacia de la Comunidad Autónoma del País Vasco. Mediante procedimientos estadísticos de regresión multinivel, se seleccionaron 32 centros que cumplían el los criterios para considerarlos de “alto valor añadido”. En la segunda fase cualitativa se realizaron 90 entrevistas a profesorado de equipos directivos, de la Inspección y de los Centros de Apoyo a la Formación e Innovación Educativa y se procedió a la identificación de las buenas prácticas en éste área. Si bien la metodología de enseñanza se considera un factor clave de la eficacia escolar, no se ha encontrado que destaque una metodología en particular en función de las características de estos centros. Destacan innovaciones en diversas áreas (Lenguas, Matemáticas y Transversales) y metodologías propias que llevan tiempo perfeccionando y adecuando a las necesidades del alumnado y del centro (trabajo en grupos, el aprendizaje cooperativo, la metodología basada en competencias o por proyectos, entre otras) y la mitad de los centros utilizan las TICs como recurso didáctico